Ha esdevingut la principal causa contra l’organització del Referèndum de l’1 d’Octubre. Es va iniciar al febrer del 2017 pel jutge instructor Ramírez Sunyer amb un sol investigat inicialment. La causa va arribar a investigar 48 persones, i ha conclòs amb els 27 actuals i els 3 que han passat al TSJC per la seva condició d’aforats. Es va imposar una fiança de 5,8 milions i se’ls ha processat pels delictes de malversació de fons públics, desobediència, falsedat documental, revelació de secrets i prevaricació. 

Les diligències produïdes en el marc d’aquesta instrucció van servir per practicar les 14 detencions el 20/09/17 a diferents conselleries del Govern i iniciar la causa contra Jordi Cuixart i Jordi Sànchez que acabaria amb la seva condemna pel Tribunal Suprem, conjuntament amb 9 membres del Govern i la presidenta del Parlament. Alhora ha servit per nodrir part de la investigació del Jutjat d’Instrucció 18 contra 10 persones, ja investigades pel Tribunal de Comptes, i algunes pel propi Jutjat d’Instrucció 13, produint-se una absoluta manca de garanties processals denunciades per les defenses