El 28 d’octubre de 2017, l’endemà de la Declaració d’Independència de Catalunya, el Senat i el Govern espanyol van fer efectiva la suspensió de l’autonomia de Catalunya i de totes les seves institucions d’autogovern, passant l’administració de les mateixes en mans directes de Madrid. El president de la Generalitat i tot el seu govern va ser destituït. En paral·lel, la Fiscalia de l’Estat va presentar les pertinents querelles per rebel·lió, sedició i malversació contra tot el Govern, i l’Audiència Nacional va citar-los pel 2 i 3 de novembre. En aquell moment, el president Carles Puigdemont i els consellers Antoni Comín (Salut), Clara Ponsatí (Ensenyament), Lluís Puig (Cultura) i Meritxell Serret (Agricultura) ja es trobaven a Brussel·les (Bèlgica), posant-se des d’aquell moment a disposició de la justícia belga. La resta del Govern català va ser empresonat per la magistrada de l’Audiència Nacional Carmen Lamela a petició de Fiscalia.

Marta Rovira, secretària general d’ERC va ser imputada pel Tribunal Suprem per un presumpte delicte de rebel·lió per l’organització del Referèndum, acordant la llibertat condicional sota fiança. El 23 de març de 2018 el magistrat Pablo Llarena la va citar per revisar la seva situació processal conjuntament amb Jordi Turull, Dolors Bassa, Raül Romeva, Josep Rull i Carme Forcadell. Tots van ser empresonats, menys Rovira que es va exiliar a Suïssa.

El 21 de febrer de 2018 el magistrat Pablo Llarena va citar l’exdiputada de la CUP Anna Gabriel al Tribunal Suprem per respondre sobre l’organització del Referèndum amb imputacions de rebel·lió i sedició. Davant la manca de garanties no va comparèixer i va traslladar la seva residència a Suïssa.

Actualment, i després que diferents tribunals d’Alemanya, Bèlgica, Escòcia i Itàlia hagin desautoritzat les ordres europees i internacionals de detenció provinents d’Espanya i qüestionat la imparcialitat dels tribunals espanyols, el magistrat del Tribunal Suprem espanyol, Pablo Llarena, va sol·licitar el 9 de març de 2021, diferents qüestions prejudicials al Tribunal de Justicia de la Unió Europea (TJUE) en relació a la validesa de les euroordres i en relació a Lluís Puig, Carles Puigdemont, Toni Comín, Clara Ponsatí, Meritxell Serret, Marta Rovira i Anna Gabriel.

En paral·lel, el 7 gener de 2021 la justícia belga va acabar denegant l’extradició del conseller de Cultura, Lluís Puig, citant la resolució del Grup de Treball de Detencions Arbitràries de l’ONU sobre l’arbitrarietat de l’empresonament dels presos polítics, i al·legant la manca de competència del Tribunal Suprem per poder-lo jutjar i que en el cas d’executar-se l’ordre de detenció europea, es posarien en perill els seus drets fonamentals. Posteriorment, en la qüestió prejudicial que el Tribunal Suprem (TS) enviaria al TJUE, s’al·legarà que tot i l’existència d’un risc greu de vulneració dels drets fonamentals de la persona contra la que s’ha dictat una ordre de detenció europea (Lluís Puig), aquest risc no pot constituir, segons el TS, un motiu de denegació.

Pel que fa al president Carles Puigdemont, Toni Comín i Clara Ponsatí, en la seva condició d’eurodiputats gaudeixen d’immunitat parlamentària, atorgada cautelarment pel Tribunal de Justícia de la Unió Europea, després que es recorregués la decisió del Parlament Europeu d’acceptar el suplicatori del Suprem espanyol per retirar-los la immunitat amb els vots a favor dels partits espanyols (PSOE, PP, Ciudadanos i VOX) i la pressió que aquests van exercir dintre dels seus grups parlamentaris.

Pel que fa a Meritxell Serret, va retornar de l’exili l’11 de març de 2021 i es va personar al Tribunal Suprem, que la va processar per un delicte de desobediència derivant la causa al Tribunal Superior de Justícia de Catalunya (TSJC). A mitjans de setembre de 2022 la Fiscalia va presentar escrit d’acusació on li demana un any d’inhabilitació per a càrrec públic i 12.000€ de multa. El judici es va celebrar el 29 de març de 2023 i la sentència del 26 d’abril la va condemnar per un delicte de desobediència greu a un any d'inhabilitació i 12.000 euros.

Per la seva banda, el 19 de juliol de 2022 Anna Gabriel va retornar de Suïssa presentant-se davant del Tribunal Suprem espanyol i declarant davant l’instructor Pablo Llarena el 14 de setembre de 2022. Actualment es troba a l’espera que el TS resolgui la seva nova situació processal en relació al delicte de desobediència sense cap mesura cautelar.

Amb la derogació del delicte de sedició, Clara Ponsatí va tornar el 28 de març a Barcelona després de 5 anys d’exili. Aquell mateix dia, en una actuació qüestionable per part dels Mossos d’Esquadra, va ser detinguda per traslladar-la davant l’autoritat judicial. Allà se li va notificar-li que el 24 d’abril s’havia de presentar davant del Tribunal Suprem (Madrid) perquè aquest li prengués declaració sobre el delicte de desobediència. Ponsatí no s’hi va presentar al·legant la seva immunitat com a europarlamentaria i l’obligació del jutge Llarena per suspendre el procediment davant la petició d’empara al Parlament Europeu.

El 31 de gener de 2023 el TJUE va emetre la sentència que donava resposta a les qüestions prejudicials instades pel TS el març del 2021. En aquesta Sentència, si bé el TJUE no veia obstacle per l’emissió de noves ordres de detenció, les condicionava a criteris de proporcionalitat i de respecte dels drets fonamentals. Així mateix, definia en quins casos un òrgan judicial pot rebutjar l’execució d’una ordre de detenció europea i quines al·legacions s’hi poden fer amb vinculació suficient com per denegar l’execució de l’euroordre, com per exemple, la validesa d’informes internacionals que posin de manifest la manca de garanties i de respecte de les llibertats a l’Estat sol·licitant. A més, el TJUE posava sobre la taula que un dels motius que justificarien el rebuig a una ordre de detenció, és acreditar l’existència de deficiències que afectin a la tutela judicial d’un grup objectivament identificable de persones als que pertany la persona interessada. Així el TJUE establia que tant l’acreditació de deficiències generalitzades en el funcionament del sistema judicial de l’Estat emissor o que aquestes es projectin sobre un grup objectivament identificable, són causes per la desestimació d’ordres de detenció.