Aquest organisme de caràcter governamental i administratiu de control comptable i altament polititzat, ha estat un dels més bel·ligerants en la persecució de l’independentisme. Mancat de garanties legals, processals i en una actuació del tot parcial ha perseguit fins a 54 persones, moltes d’elles ja investigades en procediments paral·lels de caràcter penal.

Les actuacions prèvies 80/19 constava de dues peces, la 147/18 referent a les despeses de l’1 d’Octubre amb 28 investigats a qui se’ls havia imposat una fiança de 4,1 milions d’euros, i la 79/19 referent a les despeses de l’acció exterior de la Generalitat amb 34 investigats a qui se’ls havia imposat una fiança de 5,4 milions. 8 dels investigats eren perseguits en les dues peces.

A finals de 2021 la instructora sortint, Mariscal de Gante, va unificar en un sol procediment les dues peces separades. Amb la renovació i el canvi de majories a dins del Tribunal arran del pacte entre PP i PSOE, el nou Tribunal va acceptar els avals de l’Institut Català de Finances per fer el pagament dels 5,4 milions i evitar l’embarg de béns, aval no acceptat per l’anterior instructora. L’abril de 2022 Fiscalia va presentar davant del Tribunal de Comptes una demanda per un import total de 3,4 milions, rebaixant els més de 9 inicials i contra un total de 35 dels investigats (entre ells Carles Puigdemont, Artur Mas, Oriol Junqueras, Andreu Mas-Colell, Francesc Homs, Raül Romeva, Dolors Bassa, Jordi Turull, Toni Comín o Lluís Puig), mentre que Societat Civil Catalana va presentar una nova demanda de 5,3 milions cap a 11 dels investigats.